El Plan de Manejo del Santuario San Francisco de Lagunillas y Quillayal, fue actualizado y redefinido en 2011 en el contexto del levantamiento de la Linea de Base de los Sitios Prioritarios 3,4 y 5 de la Estrategia Regional de Biodiversidad (Altos del Maipo, Morado y Rio Colorado )y el desarrollo del Plan Santiago Andino, para estos 3 Sitios Prioritarios.
La liea de base de ambiental fue realizada por la Universidad de Chile, en el contexto del Proyecto Corfo Innova sobre Bienes Publicos, que abarco Los predios El Volcan, El Almendro, Cascada, Lagunillas, Quillayal, Rio Colorado y Rio Olivares, proponiendose Planes de Manejp para la Gestion Sustentable de todos estos predios pertenecientes a ecosistemas de montaña. El Consejo Directivo del Proyecto esuvo constituido por La Universidad de Chile , el Servicio Agricola y Ganadero y la Fundacion Chile Sustentable. Adicionalmente el proyecto elaboro un “Manual de Buenas Practicas para Ecosistemas de Montañas “, lo que constituye una importante aporte para todas las regiones de montaña del pais.
LEVANTAMIENTO DE LÍNEA DE BASE HÍDRICA, FLORA Y FAUNA