Zona Prohibida de Caza
En 2003, luego de varios años de trabajo conjunto con organizaciones comunales, organizaciones ambientales, propietarios de predios, autoridades locales y organismos públicos coordinados por el Servicio Agrícola y Ganadero, se logró establecer como “Zona de Prohibición de Caza Santiago Andino” toda la Comuna de San Jose de Maipo, estableciéndose una veda de conservación de 30 años para la fauna nativa, a partir de 2003, en esta zona de la precordillera y cordillera de Santiago.
Área Interés Científico
Durante el proceso de presentación del Santuario, dado el destacado valor geológico y geomorfológico y paisajístico de los predios, con el apoyo de diversas instituciones públicas y de la Intendencia de la Región Metropolitana , el año 2005 los predios Lagunillas y Quillayal fueron declarados “Zona de Interés Científico para Efectos Mineros” , mediante Decreto Nº 78/ 2005, del Ministerio de Minería, con lo cual, en ambos predios, así como en otros cinco predios de la comuna de San José de Maipo queda restringida la explotación minera.
Santuario de la Naturaleza
Tres años después, luego del levantamiento de información sobre flora, fauna y valores culturales de ambos predios, y proponer un plan de manejo para la conservación del Área, el Consejo de Monumentos Nacionales los declaró Santuario de la Naturaleza , mediante Decreto Nº775 /2008 del Ministerio de Educación.
Plan Santiago Andino
El Santuario San Francisco de Lagunillas junto a los predios el Volcán , el Almendro , Río Colorado, Embalse el Yeso, Santuario Cascada de las Ánimas y el Monumento Natural El Morado, pasan a formar parte del Plan Santiago Andino en 2010, para la implementación de la Estrategia Regional para la Conservación de la Biodiversidad de la Región Metropolitana., en los sitios declarados prioritarios.
El año 2015 el Santuario San Francisco de Lagunillas y Quillayal junto a otros ocho santuarios de la Región Metropolitana , constituyen la Red de Santuarios de la RM para el apoyo mutuo y la coordinación de actividades comunes entre los Santuarios de la Región. Con el apoyo de la SEREMI de Medio Ambiente , se constituye una secretaría técnica y se inician una fructífera labor conjunta. A 2018, la Red reúne a los 11 Santuarios de la Naturaleza de la región, los que suman el 5,6% de la superficie total de la Región Metropolitana.