Protección y Restauración de los ecosistemas de montaña para la conservación de la biodiversidad, las culturas locales y posibilitar la re-conexión de las poblaciones urbanas con la naturaleza para su integridad y conservación en el largo plazo.
Los terrenos del Santuario están cubiertos por diversos tipos vegetacionales, tales como bosque esclerófilo mediterráneo andino, matorral bajo mediterráneo, herbazal mediterráneo y estepa altoandina. El Matorral y Bosque Esclerófilo y la Estepa Alto Andina, representan dos ecorregiones de Chile que constituyen un reservorio biológico a nivel nacional y están considerados como "hot- pots” de sistemas con escasa representación a nivel internacional. En el área existen al menos 131 especies vegetales, de las cuales 74% (56) son nativas y 27% endémicas (36); el restante 16% son alóctonas asilvestradas (Plan Manejo Santiago Andino 2011, p 49). Las especies dominantes son el Frangel u Olivillo (Kageneckia angustifolia ), el lun(Escaonia myrtoidea), el Quillay (quillaja saponaria); litre y bollen (kageneckia oblonga). Esta en categoría Vulnerable o En peligro el frangel, la llareta, el peumo, y el guayacan o palo santo.
Para el área del Santuario los cientificos describen 167 especies de vertebrados terrestres, de acuerdo a la distribución geográfica y tipo de hábitat.* Un 70% de dichas especies corresponde a aves (116 especies), un 16% a mamíferos (27 especies), un 10% a reptiles (17 especies) y un 4% a anfibios (7 especies). Entre la fauna existente en el Santuario destacan el puma, el zorro, la vizcacha, el condor, aguila, el tiuque, el pato corta corrientes, la tagua, entre otros y varias especies de anfibios y reptiles. El 17% de los vertebrados terrestres del Santuario corresponden a especies endémicas de Chile. El 24% (40 especies) se encuentran catalogados con algún problema de conservación (Glade 1993): el 100% de los anfibios, el 53% de los reptiles, el 10% de las aves y el 44% de los mamíferos. En la región Metropolitana, las poblaciones de iguana chilena (Callopistes palluma), torcaza (Columba araucana), güiña (Oncifelis guigna) y gato colocolo (Lynchailurus colocolo) se encuentran en Peligro de extinción por reducción del hábitat y caza ilegal. En el primer estudio de fauna vertebrada en el predio (Fletcher & Sarmiento 2006), se registraron un total de 80 especies (un anfibio, ocho reptiles, nueve mamíferos y 62 aves). El Santuario protege flora y fauna nativa con problemas de conservación, ademas de numerosas fuentes de recursos hídricos (humedales, vertientes, quebradas y esteros), sitios arqueológicos, valores geológicos y paisajísticos.
Los objetos prioritarios de conservación del Santuario para el Plan de Manejo 2018-2028 son:• La Red Hídrica y las Vegas.
• El Frangel u Olivillo (Kageneckia angustifolia)
• El Puma (PUMA concolor).
