Desde su creación el Santuario San Francisco de Lagunillas y Quillayal ha priorizado la restauración de los ecosistemas del Santuario. Entre las principales actividades desarrolladas durante la primera década, destacan la construcción y mantenimiento de cercos perimetrales , la exclusión de la actividad ganadera, la reforestación con especies nativas y el mantenimiento de pasos y senderos .
También se han instalado cámara trampa para el monitoreo de fauna nativa y para control y vigilancia sobre las áreas reforestadas y sectores de incursión de turismo desregulado. Adicionalmente a ello, se ha reforzado la prevención de incendios a través de poda de vegetación y construcción de cortafuegos a
ambos lados de la ruta G-355 que cruza la parte baja del Santuario y que constituye una de las mayores fuentes de amenazas para la biodiversidad del Santuario.
Reforestación: Entre Plantamos 130 hectáreas de bosque nativo entre 2010-2018, se han plantado 138 hectáreas de Bosque nativo en el Santuario. De estas, 73,5 ha (unos 66.000 árboles) ya fueron recepcionadas por Conaf entre 2012 y 2016. Entre las especies incluidas en el Programa de Reforestación están entre otras: Quillay, Olivillo/Frangel, Espino, Maitén, Litre, Guindillo, Huingan y Romerillo A continuación puede conocer las áreas reforestadas entre 2010 y 2018 .
Mantención de cercos y senderos
Una de las labores importantes para la conservación de la biodiversidad es la exclusión de las áreas protegidas a través de cercos perimetrales que impidan el ingreso de animales de pastoreo y ganadería intensiva. Por esta razón, no obstante la gran superficie del Santuario, su superficie se encuentra cercada, lo cual evita la degradación de vegas ,pastizales y pisos vegetacionales. El mantenimiento de dichos cercos así como los senderos son uno de las temas mas relevantes y costosos en la relaciones entre el Santuario y los predios vecinos. Además de unos 50 kilómetros de cercos perimetrales, el Santuario cuenta con cercos internos, que separan las distintas zonas de manejo.