La opción por la conservación de los ecosistemas de montaña fue siempre un objetivo principal de los propietarios de los predios San Francisco de Lagunillas y Quillayal, por lo cual junto a la comunidad local, trabajaron para el establecimiento del área como Zona de Prohibición de Caza Santiago Andino”,Decreto Nº693/2003 del Ministerio de Agricultura, que establece una veda de conservación de 30 años, para la precordillera y cordillera de Santiago.
Dos años más tarde, junto a titulares de predios públicos y privados de la comuna de San José de Maipo y el apoyo del la Intendencia y el Servicio Agrícola y Ganadero-SAG, lograron , mediante el Decreto Nº 78/2005, otorgado por el. Ministerio de Minería, establecer la categoría de “Zona de Interés Científico para Efectos Mineros”, vale decir, en esta zona queda
restringida la explotación minera.
Mediante la activa participación en el desarrollo de la Estrategia Regional par la Conservación de la Biodiversidad, lograron la incorporación de ambos predios en el “Sitio Prioritario Nº 4 para la Conservación de la Biodiversidad de la Región Metropolitana: El Morado”, junto al Monumento Natural El Morado. Finalmente, mediante Resolución Nº 585 del año 2005, se estableció el Área de Protección “Santiago Andino” , con una superficie de 482.000 hectáreas. Su objetivo fue la protección in situ de los ecosistemas altoandinos amenazados en los Sitios Prioritarios Nª3, 4 y 5 de la Estrategia Regional de la Biodiversidad , todos ubicados en la cordillera de los Andes de Chile Central.
Dos años después, luego de estudios sobre flora y fauna y la presentación de un Plan de Manejo para su conservación, los predios San Francisco de Lagunillas y el Quillayal fueron declarados Santuario de la Naturaleza por el Consejo de Monumentos Nacionales, mediante Decreto Exento MINEDUC N° 775 el 08 de abril de 2008 por sus características geológicos y geomorfológicos que dan lugar a valores naturales y paisajísticos extraordinarios.
Históricamente el uso de los predios que hoy constituyen el Santuario se concentró en la ganadería extensiva, especialmente de ganado bovino, caballar, ovino y caprino, llegando a sustentar un millar de animales en tierras altas de veranadas, y un tercio de dicha cantidad en periodos de invierno. Al igual que otros predios cordilleranos el área sirvió tradicionalmente de
complemento para talaje a de grandes rebaños de ovejas y vacunos traídos desde las zonas costeras en periodos de verano, además de sustentar a la ganadería de crianceros locales.
Por esta razón en los predios se desarrolló una importante cultura arriera, vinculada a la crianza, cuidado y arreo de animales y un profundo conocimiento del territorio, su geografía, su flora y su fauna por parte de los arrieros.
Luego de ser nominado como Santuario de la Naturaleza, la reconversión productiva de los predios Lagunillas y Quillayal , se desarrolló a partir del año 2009 eliminandose la crianza y talajeo de vacunos y caballares , y dando lugar a la plantación escalonada de unas 20 hectáreas de nogales en los potreros de tradicional uso intensivo para cultivo de maíz y pasto de forraje.
A objeto de continuar con el cuidado de vegas ,senderos y cercos , y mantener la cultura arriera local, se mantuvo en los predios y se dejo establecido en el Plan de Manejo del Santuario, una dotacion de caballos propiedad de los arrieros locales de San Jose de Maipo y del Santuario.
